Trenutni znanstveni problemi

Študije celotnega genoma (GWAs) so v kompleksnih boleznih odkrile mnogo polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP-jev) povezanih z bolezenskim tveganjem. Vendar pa je velik delež genetskih označevalcev povezanih s patogenezo kompleksnih bolezni del večjih haploblokov z visokim vezavnim neravnovesjem (LD). Prav tako le-ti pogosto ležijo v nekodirajočem genetskem območju ali celo v t.i. genetskih puščavah, kar otežuje iskanje ključnih patogenih molekularnih procesov ki pogojujejo kompleksne bolezni. Identifikacija bolezenskih variant vzročnih za patogenezo kompleksnih bolezni bi pomenila boljše razumevanje bolezni na molekularni ravni kot tudi odkrivanje novih terapevtskih tarč in optimizacijo obstoječih terapij.
Razvoj tehnologije sekvenciranja, usmerjenih panelov in metode imputacije je znižal ceno genomskih študij in hkrati povečal količino generiranih genetskih podatkov. Za pravilno statistično obdelovanje velikih količin genetskih podatkov se razvijajo napredna bioinformatska orodja. V post-GWAs dobi je torej enostavneje generirati večjo količino podatkov, tako da je sedaj poudarek na finem mapiranju vzročne variante znotraj haplobloka, ugotavljanje posledice ključne genetske variante, kako vpliva na izražanje genov in kakšno vlogo ima pri nastanku bolezni oz. pojavu simptomov. S tem namenom se izvajajo študije kvantitativnega lokusa (eQTL) iskanje vpliva genetskih označevalcev na izražanje genov v tarčnih tkivih. Razvoj tehnologije RNAseq je omogočil študije celotnega transkriptoma, kar omogoča širok vpogled v biološke procese v kompleksnih boleznih na nivoju RNK molekule, kot tudi hitro odkritje novih eQTL povezav in novih transkripcijskih variant, ki so specifične za določeno bolezen.
Dodatno so študije genoma in transkriptoma omogočile iskanje DNK in RNK označevalcev odziva na zdravila. Odkritje farmakoloških označevalcev in prenos le-teh v klinično prakso bi izpolnilo ideal personalizirane medicine, kjer bi z analizo bolnikovih značilnosti na molekularni ravni bilo mogoče predpisati najbolj učinkovito zdravilo pri optimalni dozi in maksimirati verjetnost uspešnega odziva na zdravilo, hkrati pa zmanjšati verjetnost nezaželenih stranskih učinkov. V ta namen se oblikujejo tudi napredni napovedni modeli z statističnimi metodami in pristopi strojnega učenja.

Področje raziskovanja 

Za namen preučevanja kompleksnih bolezni in farmakogenomike center zbira biološke vzorce klinično dobro definiranih bolnikov. Trenutno je delo centra osredotočeno na imunsko pogojene kompleksne bolezni, kot je kronična vnetna črevesna bolezen, revmatoidni artritis in astma, prav tako pa raziskujemo določene vrste raka, npr. rak dojk in rak vratu, nosu in glave. Za večino študij se zbirajo vzorci periferne venske krvi, iz katere se izolira serum, eritrociti in mononuklearne celice. Če je možno in relevantno za študijo zbiramo tudi vzorce tarčnega tkiva, kot tudi slino in blato.
Center za humano genetiko raziskuje diagnostične in prognostične biološke označevalce v preiskovanih boleznih, npr. farmakološke označevalce odziva na anti-TNF zdravljenje v kronični vnetni črevesni bolezni. Za celoten seznam trenutnih in zaključenih projektov in sodelovanje, kliknite tukaj. Za seznam publikacij, kliknite tukaj.